НОУ «Школа во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова» является общеобразовательной, 1–8 классы работают в режиме пятидневной учебной недели, 9-11 классы – в режиме шестидневной учебной недели.
Предметы федерального и регионального компонентов изучаются в полном объёме.
Итоговая аттестация в выпускных 9-м и 11-м классах проводится в полном соответствии с Федеральным и региональным Положением.
Учебный план школы на 2011–2012 учебный год составлен на основе Московского регионального базисного учебного плана общеобразовательных учреждений.
Для реализации программ основного общего и среднего (полного) общего образования оборудованы все предметные кабинеты, имеется множительная и оргтехника для обеспечения учащихся учебно-дидактическими материалами.

Длительность урока – 45 минут.
Неучебными днями являются двунадесятые праздники, пасхальный период.

Содержание образования в начальной школе (1–4 классы):
1. Филология: русский язык – 4 часа в неделю,
литературное чтение – 4 часа в неделю,
английский язык (со 2 класса) – 2 часа в неделю.
2. Математика представлена курсом «Математика» (Л. Г. Петерсон) – 4 часа в неделю.
3. Окружающий мир: курс «Окружающий мир» (А. А. Плешаков) – 1 час.
4. Обществознание (2–4 класс): изучается предмет «Москвоведение» (Н. М. Поникарова) – 1 час в неделю.
5. Физическая культура – 2 часа в неделю (программа В. И. Лях).
6. ИЗО – 2 часа в неделю по программе Б. Неменского.
7. Технология – 2 часа в неделю по программе Н. М. Конышевой.
8. Музыка – 1 час в неделю, представлена предметами «Музыка» и «Церковное пение».
9. Закон Божий.

Особенности образования на второй ступени обучения (5–9 классы):
1. Филология (русский, иностранный языки, литература).
2. Математика.
3. Естествознание (биология, география, химия, физика).
4. Обществознание («Москвоведение» изучается интегрированно с предметом «История»).
5. Искусство (ИЗО, МХК, Музыка).
6. Физическая культура.
7. Технология.
8. Закон Божий.

Особенности образования на третьей ступени обучения (10–11 классы):
Реализуется базисный учебный план (совокупность базовых и элективных курсов), присутствуют элементы профессионального обучения, учащихся качественно готовят к ЕГЭ, что подтверждают выпуски в формате ГИА и ЕГЭ.
Предметы федерального и регионального компонентов изучаются в полном объёме, что позволяет школе предоставлять возможность получения стандарта образования всеми учащимися, обеспечивает достижение целей образовательной программы школы, удовлетворяет социальный заказ родителей, образовательные запросы и познавательные интересы учащихся.